מתחילת ינואר 2005, משה ויגדור מכהן כמנכ"ל הסוכנות היהודית.
בין השנים 1992-1994, הוא היה סגן נשיא ומנכ"ל האוניברסיטה העברית בירושלים.
בסמכותו בתור סגן נשיא ומנכ"ל האוניברסיטה העברית, משה ויגדור היה אחראי על ניהול אדמיניסטרטיבי ופיננסי של האוניברסיטה, כולל בניית מבנים חדשים במתחם האוניברסיטה.
למשה היה תפקיד מרכזי בהחלטות מרכזיות וחשובות עבור האוניברסיטה.
כמו כן הוא שיחק תפקיד מרכזי בהסכם גלובלי בין האוניברסיטה ובין מנהל מקרקעי ישראל. הוא יזם והיה אחד מהמייסדים של חברת נכסים של האוניברסיטה, וכמו כן תפקידו היה חשוב בהקמת חברות וקרנות האוניברסיטה.
בין השנים 1983-1992, הוא כיהן כמנכ"ל יישום. יישום היא חברת בת של האוניברסיטה העברית ומטרתה היא להתאים גילויים מדעיים וטכנולוגים לסקטור הרווחי של התעשייה. יישום הינה אחראית לשמור על הקינן הרוחני של האוניברסיטה.
משה ויגדור היה המנהל של אחת החברות התעשיתיות הראשונות שמבוססות על מדע בתחום הביוטכנולוגיה שהוקם בישראל. החברה היתה יוזמה משותפת של עיסום ו Miles Laboratories מהעיר אלקהרט שבאינדיאנה, ארה"ב.
ב-1974 סיים משה ויגדור את לימודיו בתעשייה וניהול הנדסה מהפקולטה לטכנולוגיה שבאוניברסיטת בן-גוריון שבנגב.
בעשרים השנים האחרונים כיהן משה ויגדור כחבר הנהלה של חברות רבות בתחום התעשיה מבוססת על מדע, היי-טק וסטרט-אפ.
משה ויגדור הינו יועץ מיוחד לאונסק"ו. ובתוקף תפקידו זה, הוא מרצה על חינוך לצוותי אוניברסיטה בכל רחבי העולם.
משה ויגדור הוזמן להרצות במדינות רבות כולל ארה"ב, גרמניה, ברזיל, ארגנטינה, יפן וקנדה.